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La fauna de Navalafuente está condicionada por dos factores fundamentales: La proximidad de la Sierra y la actividad humana. Esta última ha propiciado la desaparición de las especies más sensibles a la presencia del hombre, así como de las más perseguidas por su interacción con los intereses de la población local, caso del Lobo ibérico (Canis lupus subsp. signatus) o el Oso pardo (Ursus arctos), cuyos últimos ejemplares se extinguieron en siglos pasados. Aún así, el municipio alberga una notable variedad faunística, favorecida por la diversidad de ambientes de éste.

Entre los mamíferos destacan: el Jabalí (Sus scrofa), el Zorro (Vulpes vulpes) y la Gineta (Genetta genetta), aunque pueden encontrarse muchos otros, como el Corzo (Capreolus capreolus), el Tejón (Meles meles), la Garduña (Martes foina), el conejo (Oryctolagus cuniculus), la Liebre (Lepus granatensis), así como roedores (Ratones, Lirones caretos, Topillos, etc.) e insectívoros (erizos, musarañas, murciélagos, etc.). La mayoría de estas especies son de hábitos discretos y su actividad se desarrolla principalmente en el crepúsculo y por la noche, por lo que resulta difícil su observación.

Por el contrario, es sencillo descubrir la rica avifauna que alberga Navalafuente, dando un paseo por su senderos. De nuevo, la diversidad paisajística del municipio proporciona hábitat adecuados a multitud de especies. En las formaciones de encinar, no será difícil toparse con los ruidosos y coloridos Rabilargos (Cyanopica cyana), las corpulentas Palomas torcaces (Columba palumbus) o la vistosa Abubilla (Upupa epops). En los sotos y riberas de los arroyos podremos ver a los nerviosos Mitos (Aegithalus caudatus), a los melodiosos Ruiseñores (Luscinia megarhynchos) o pequeños Chochines (Troglodytes troglodytes), aunque estos dos últimos resultará más sencillo escucharlos que verlos, pues siempre se mueven por lo más espeso de la vegetación. Mientras en las fresnedas no será raro contemplar Pinzones vulgares (Fringilla coelebs), inquietos Carboneros y Herrerillos comunes (Parus major y Parus caeruleus) y con más fortuna, algún Pito real (Picus viridis) o alguna Oropéndola (Oriolus oriolus) con su espectacular plumaje. Los lugares menos arbolados también albergan sus aves características como el Triguero (Miliaria calandra), la Tarabilla común (Saxicola torquata) o el Escribano montesino (Emberiza cia). Incluso en el interior del pueblo podremos observar aves ligadas a medios humanizados como la Cigüeña blanca (Ciconia ciconia), que cría en la iglesia, las Golondrinas (Hirundo rustica) o los Vencejos (Apus apus).

La composición de la comunidad ornítica de Navalafuente varia a lo largo del año, pues algunas aves solo se pueden observar durante el invierno (aves invernantes). Éstas, abandonan las zonas de cría durante este periodo para evitar los rigores invernales. Algunos ejemplos de este tipo de aves serían el Zorzal alirrojo (Turdus iliacus) o el Lúgano (Carduelis spinus). Por el contrario, han otro grupo de aves que llegan a Navalafuente durante la primavera, y permanecen en dicho municipio durante casi todo el verano (aves estivales), críando en sus campos. Este es el caso del conocido Ruiseñor, el Alcaudón común (Lanius senator) o el colorido Abejaruco (Merops apiaster).

Además de aves y mamíferos, Navalafuente presenta gran variedad de anfibios y reptiles, tales como los Sapos corredor y común (Bufo calamita y b. bufo), la Rana común (Rana perezi), la Lagartija ibérica (Podarcis hispanica), la Lagartija colilarga (Psammodromus algirus) o el Lagarto ocelado (Lacerta lepida).

Para terminar este apartado, hay que mencionar que dentro de los invertebrados la variedad se multiplica, destacando por su vistosidad y colorido las mariposas, que alegran los campos con los vuelos durante los meses cálidos del año.

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